Große einschneidende Veränderungen vollziehen sich in der Klasse der Kopffüßer (Cephalopoda) vor allem bei den Ammoniten. Die Ordnungen aus der Gruppe der Goniatiten (Altammoniten) und der Ceratiten (Mesoammoniten) sind am Ende der Trias oder bereits früher ausgestorben. Von den ursprünglich 9 Ammonitenordnungen verbleiben am Ende des Trias zunächst nur noch drei: Die Lytoceratida, Phylloceratida und Ammonitida. Die Entwicklung der Ammoniten beschleunigt sich im Jura sehr stark vor allem in der Ordnung Ammonitida, einer der wenigen verbliebenen Ordnungen der Ammoniten. Innerhalb dieser Ordnung entwickelt sich während des Jura in kurzer Zeit eine große Artenvielfalt. Waren die Gehäuse bis zu Ende der Trias meist einfach berippt, so entstehen nun Formen bei denen die Rippen der äußeren Schalenhälfte gespalten sind. Sogenannte Spaltripper, wie Aulacostephanus oder Hammatoceras. Auch das Auftreten bestimmter Skulpturelemente wie Knoten und Wulste u.a. auf den Gehäusen von Ammoniten während bestimmter Zeiträume ist auffällig. Wie z.B. bei Pleuroceras, Peltoceras und Sonninia.
Auch die Ausbildung des Mundrands, und der Mündungsapophysen (Auswüchse am Mündungsrand) sind sehr variabel. Sie dienten dazu das größere Weibchen daran zu hindern, das Männchen nach dem Geschlechtsakt aus dem Gehäuse zu ziehen und zu verspeisen. Diese empfindlichen Auswüchse sind bei Fossilfunden eher selten. Bei der großen Artenaufspaltung der Ammonitida im Jura handelt es sich um ein letztes Aufbäumen vor dem Fall, denn bereits am Anfang der Kreidezeit ist ein steter Rückgang als langsamer Aussterbeprozess auch der letzten drei verbliebenen Ordnungen der Ammoniten zu beobachten.